Agenda Účetní doklady je společná pro veškeré typy dokladů (tj. faktury přijaté, faktury vydané, zálohové doklady, dobropisy, interní doklady, ostatní závazky a pohledávky, pokladní paragony). Práci s omezeným seznamem (listem) lze zajistit pomocí vhodně nastavených oprávnění (např. skladový referent bude mít přístup jen na faktury přijaté skladové - za předpokladu, že tyto faktury mají svůj vlastní typ dokladu) nebo pomocí filtrů.
Zaúčtování (nejen účetních dokladů, ale i plateb a vypořádání) se zpravidla děje automaticky. Předpisy zaúčtování Cílem práce ve Factorify je pokrýt pomocí předpisů všechny běžně se opakující účetní případy. Samozřejmostí je možnost ručního zaúčtování na MD/D na jednotlivých položkách dokladu.
Prostřednictvím jednotlivých stavů dokladu lze ovlivnit, v jakém stavu budou účetní transakce zapsány do hlavní knihy (např. ve stavu Nový se transakce nezaúčtují, po přepnutí do stavu Schváleno již ano). Stavy a jejich vlastnosti lze nastavit podle potřeb účetní jednotky.